Emergence d’un nouvel Orthobunyavirus de type Shamonda en France et en Europe chez des vaches laitières présentant un syndrome fébrile, abattement, pertes de production et diarrhées : ce qu’il faut savoir
Depuis quelques semaines, des épisodes associant diarrhée aiguë, fièvre, abattement et baisse de la production laitière sont rapportés dans de très nombreux élevages bovins de l’Est de la France, notamment dans le Doubs, l’Ain, la Savoie et la Haute-Savoie. Des tableaux cliniques comparables ont également été signalés en Suisse et en Allemagne.
Ce syndrome connait actuellement une très rapide extension sur le territoire national.
L’implication de ce virus dans des troubles de la reproduction, en particulier des avortements, est également suspectée et doit attirer l’attention des éleveurs et vétérinaires.
Chez les animaux atteints, les premiers signes semblent le plus souvent transitoires. La diarrhée, initialement considérée comme le signe clinique principal, s’inscrit en réalité dans un syndrome plus large associant une diminution de l’activité, un épisode fébrile parfois bref et une chute temporaire de la production laitière. Il est à craindre un effet retardé sur la fonction de reproduction.
Face à la multiplication des cas et à l’absence d’identification d’un agent infectieux par les analyses réalisées en première intention, des prélèvements ont été adressés à la plateforme de métagénomique clinique METAPATH de l’École Nationale Vétérinaire de Toulouse.
Les analyses ont permis de détecter dans le plasma de vaches prélevées pendant la phase aiguë, un Orthobunyavirus appartenant au sérogroupe Simbu et génétiquement apparenté aux virus de Shamonda, proche du virus de Schmallenberg. Cette détection constitue une piste importante pour expliquer les épisodes observés, même si le lien de causalité entre ce virus et l’ensemble des signes cliniques doit encore être confirmé. Des résultats similaires ont été obtenus par des collègues allemands.
La métagénomique est une méthode de séquençage dite « sans a priori » : contrairement à un test PCR ciblé, conçu pour rechercher un agent pathogène précis, elle permet de rechercher l’ensemble des agents infectieux présents dans un prélèvement. Les séquences obtenues sont ensuite comparées à des bases de données afin d’identifier d’éventuels agents infectieux. Cette approche est particulièrement utile lorsqu’un agent est inattendu, mal caractérisé ou suffisamment divergent pour ne pas être détecté par les tests moléculaires habituellement utilisés. Dans le cas présent, elle a permis de reconstituer la totalité des trois segments constituant le génome viral et d’orienter son identification par des analyses phylogénétiques.
Les Orthobunyavirus sont des virus enveloppés à ARN dont le génome est divisé en trois segments, appelés S, M et L. Plusieurs virus du sérogroupe Simbu infectent les ruminants et sont transmis principalement par des moucherons du genre Culicoides. Chez les bovins adultes, ils peuvent provoquer des épisodes aigus généralement de courte durée, associant fièvre, abattement et baisse de production. Leur impact peut toutefois être plus important lorsque l’infection survient pendant la gestation, certains de ces virus étant susceptibles d’entraîner des avortements ou des malformations congénitales.
Les équipes de l’ENVT (UMR INRAE IHAP – Plateforme de métagénomique clinique METAPATH) poursuivent activement les investigations en lien avec les collègues européens afin de préciser l’identité exacte du virus, développer des outils de diagnostic adaptés et confirmer sa détection dans d’autres élevages et chez des animaux prélevés individuellement en phase aiguë. En particulier, la confirmation des suspicions est actuellement centralisée dans nos laboratoires.
Ce travail repose sur une collaboration étroite entre vétérinaires praticiens, laboratoires départementaux, équipes de recherche, plateformes de diagnostic et services et agences de l’État. Cette mobilisation collective permettra de mieux caractériser l’épisode en cours, d’en suivre l’extension, d’évaluer ses conséquences sanitaires et de proposer au plus vite des solutions de contrôle.
