Elle conduit ses recherches dans l'unité mixte de recherche ENVT-INRAe Interactions Hôtes-agents-pathogènes (IHAP). Vétérinaire de formation, elle a complété son parcours par une thèse en géographie de la santé, conduisant ses travaux en Asie du Sud-Est avant de rejoindre l’ENVT en 2011.
Ses activités de recherche s’articulent autour de trois axes principaux :
- la cartographie et l’analyse spatiale des risques épidémiologiques,
- l’identification de pratiques à risque en élevage,
- l’analyse des déterminants psycho-sociaux associés à la gestion de la santé animale.
Outre les outils épidémiologiques, Mathilde Paul développe des approches transdisciplinaires avec des chercheurs en sciences sociales afin d’analyser finement les comportements et les pratiques d’élevage. Ses recherches entretiennent des liens forts avec le terrain.
En lien avec ses activités d’enseignement, Mathilde Paul développe ses travaux principalement en filière avicole, autour de différents objets de recherche dont l’influenza aviaire et les usages d’antibiotiques.