L’équipe VIRAL de l’UMR ENVT-INRAe IHAP met à disposition ses compétences en biologie moléculaire ainsi que son équipement en génomique pour le diagnostic et la surveillance des infections virales en santé animale.
Le plateau analytique utilisé en routine :
- Robot d’extraction d’acides nucléiques moyen débit
- PCR temps réel (chimie Taqman ou SYBR Green)
- Séquençage NGS Oxford Nanopore pour des études de métagénomique ou de séquençage profond d’amplicons
- Analyse bio informatique des données NGS
Les analyses réalisées
Elles concernent la détection de virus chez les volailles, ruminants, lapins et certains virus de la faune sauvage. Des tests moléculaires peuvent être mis au point dans le cadre de collaborations. Les projets de recherche clinique font appel à des méthodes de génomique ciblée ou sans a priori, l’expertise en virologie étant intégrée avec des compétences en pathologie et histopathologie.
En complément des compétences analytiques en biologie moléculaire et génomique, l’équipe VIRAL possède une solide expérience dans le champ des méthodes de prélèvements, qu’ils soient réalisés sur les animaux ou dans l’environnement (aérosols, poussières, effluents).
La traçabilité fait partie intégrante de la prise en charge de chaque dossier grâce à un système d’enregistrement informatisé, d’étiquetage et de lecture de codes-barres.
