L’équipe VIRAL de l’UMR IHAP (ENVT-INRAe) mobilise son expertise en biologie moléculaire et son équipement en génomique pour la détection moléculaire des virus et plus largement des agents pathogènes d’importance en santé animale et santé publique.

Le plateau analytique est placé sous confinement BSL2 avec contrôle des cascades de pression aéraulique pour maîtriser les risques de contamination et comporte un équipement couvrant la chaine analytique :

  • Postes de sécurité microbiologique de type 2 ;
  • Homogénéisateur broyeur de tissus Precellys® Evolution pour les matrices difficiles ;
  • Robots d’extraction d’acides nucléiques moyen débit (32 et 96 échantillons) ;
  • Thermocycleurs de PCR temps réel Roche LightCycler® 96 ;
  • Thermocycleur de PCR digitale Qiagen QIAcuity® ;
  • TapeStation® Agilent pour l’analyse de fragments d’acides nucléiques ;
  • Séquenceurs de 3ème génération Oxford Nanopore pour des études de métagénomique ou le séquençage profond d’amplicons : séquenceurs MK1C et PromethION 2 Solo® ;
  • Equipement d’analyse bioinformatique des données de séquençage.

Les analyses réalisées

Elles concernent la détection des agents pathogènes et principalement des virus, chez les animaux d’élevage (volailles, ruminants, lapins, poissons) et de compagnie (carnivores et nouveaux animaux de compagnie), la faune sauvage et l’environnement. Des tests moléculaires peuvent être mis au point dans le cadre de collaborations. Les projets de recherche clinique font appel à des méthodes de métagénomique ciblée ou sans a priori, l’expertise en virologie étant intégrée avec des compétences en pathologie et histopathologie.

En complément des compétences analytiques en biologie moléculaire et génomique, l’équipe VIRAL possède une solide expérience dans le champ des méthodes de prélèvements, qu’ils soient réalisés sur les animaux ou dans l’environnement (aérosols, poussières, effluents).

La traçabilité fait partie intégrante de la prise en charge de chaque dossier grâce à un système d’enregistrement informatisé, d’étiquetage et de lecture de codes-barres.