La plateforme METAPATH (équipe VIRAL) de l’UMR IHAP (ENVT-INRAe) mobilise son expertise en biologie moléculaire et son équipement en génomique pour la détection moléculaire des virus et plus largement des agents pathogènes d’importance en santé animale et santé publique.

Le plateau analytique est placé sous confinement BSL2 avec contrôle des cascades de pression aéraulique pour maîtriser les risques de contamination et comporte un équipement couvrant la chaine analytique :

  • Postes de sécurité microbiologique de type 2 ;
  • Homogénéisateur broyeur de tissus Precellys® Evolution pour les matrices difficiles ;
  • Robots d’extraction d’acides nucléiques moyen débit (32 et 96 échantillons) ;
  • Thermocycleurs de PCR temps réel Roche LightCycler® 96 ;
  • Thermocycleur de PCR digitale Qiagen QIAcuity® ;
  • TapeStation® Agilent pour l’analyse de fragments d’acides nucléiques ;
  • Séquenceurs de 3ème génération Oxford Nanopore pour des études de métagénomique ou le séquençage profond d’amplicons : séquenceurs MK1C et PromethION 2 Solo® ;
  • Equipement d’analyse bioinformatique des données de séquençage.

 

Analyses réalisées

Elles concernent la détection des agents pathogènes et principalement des virus, chez les animaux d’élevage (volailles, ruminants, lapins, poissons) et de compagnie (carnivores et nouveaux animaux de compagnie), la faune sauvage et l’environnement. Des tests moléculaires peuvent être mis au point dans le cadre de collaborations. Les projets de recherche clinique font appel à des méthodes de métagénomique ciblée ou sans a priori, l’expertise en virologie étant intégrée avec des compétences en pathologie et histopathologie.

En complément des compétences analytiques en biologie moléculaire et génomique, la plateforme METAPATH (équipe VIRAL) possède une solide expérience dans le champ des méthodes de prélèvements, qu’ils soient réalisés sur les animaux ou dans l’environnement (aérosols, poussières, effluents).

La traçabilité fait partie intégrante de la prise en charge de chaque dossier grâce à un système d’enregistrement informatisé, d’étiquetage et de lecture de codes-barres.

 

Tarifs

  • Recherche d’un agent par PCR en temps réel ou point final
    • Référence PCR-1
    • Prix HT : 40 €
    • Prix TTC : 48 €
  • Recherche de 2 agents par PCR en temps réel ou point final
    • Référence PCR-2
    • Prix HT : 65 €
    • Prix TTC : 78 €
  • Criblage par PCR digitale d’agents pathogènes respiratoires (7 à 11 agents) par prélèvement ou mélange de prélèvements (ne comprend pas le génotypage par séquençage)
    • Référence Panel-digital
    • Prix HT : 120 €
    • Prix TTC : 144 €
  • Génotypage viral par séquençage d’un produit de PCR (avec l’analyse phylogénétique), par produit PCR séquencé
    • Référence VIR-Seq
    • Prix HT : 60 €
    • Prix TTC : 72 €
  • Recherche de pathogènes par analyse métagénomique, par échantillon
    • Référence MetaVIR
    • Prix HT : 250 €
    • Prix TTC : 300 €
  • Réovirus aviaires : PCR + génotypage par séquençage Sigma C + analyse phylogénétique, par prélèvement ou mélange de prélèvements
    • Référence REO-Seq
    • Prix HT : 200 €
    • Prix TTC : 240 €
  • Isolement viral par culture cellulaire ou ovoculture, par prélèvement (avec vérification par PCR, génotypage non compris)
    • Référence VIR-Isol
    • Prix HT : 150 €
    • Prix TTC : 180 €
  • Recherche d’ARN viral sur coupe tissulaire par hybridation in situ RNAscope, 1 cible. Tarif à la lame.
    • Référence VIR-ISH
    • Prix HT : 250 €
    • Prix TTC : 300 €
  • Génotypage bactérien par séquençage 16S (avec analyse phylogénétique), par souche
    • Référence BAC-Seq
    • Prix HT : 60 €
    • Prix TTC : 72 €
  • Forfait supplément pour usage du laboratoire L3 pour la prise en charge des prélèvements (sur la base de l’évaluation du risque biologique)
    • Référence SUP-L3
    • Prix HT : 50 €
    • Prix TTC : 60 €